Kodierungen und LaTeX

Meine Herzallerliebste muss derzeit was mit LaTeX machen (und hat mir erstmal erklärt, dass es Latech ausgesprochen wird *g*). Dieses passiert, da es in der Schule geschieht, fast schon natürlich (Warum beharrt eine IT-Schule eigentlich auf Windows ohne Rücksicht auf andere Systeme (ausgenommen deren Installation)?) unter Windows und einer entsprechenden Software (TexnicCenter).

Nun musste hier vor Ort aber was damit gemacht werden, und so installierten wir, nach kurzer Recherche was denn tauglich sei, Texmaker. Woran man aber nun nicht pausenlos denkt, ist, dass unter Windows die meiste Software mit ISO-8859-1 o. ä. kodiert, und unter Linux mit UTF-8 gearbeitet wird. Und da fing das Problem an, bei welchem ich das Ergebnis nicht nachvollziehen kann.

Unter TexnicCenter wurde diese Datei gespeichert, mit Texmaker unter Linux geöffnet und wieder gespeichert. Nun sind die Umlaute weg! Nein, sie werden nicht nur nicht dargestellt, sie sind weg! Gelöscht!
Es mag ja sein, dass es Probleme beim Darstellen jener Umlaute geben kann, aber wie können per default (auch nichts in der Richtung gefunden zum Verhindern) einfach alle Umlaute komplett entfernt werden? Geprüft habe ich das übrigens, indem ich mit gedit rein gesehen habe. Sie sind nicht mehr da, als seien sie nie da gewesen. Und da bringt auch sämtliches neu kodieren nichts. Wo nichts ist kann auch nichts verändert werden.
Insofern kann ich sämtlichen Frust, der beim Umstieg oder der Parallelnutzung aufkommt, vollkommen verstehen. Auch wenn die Standardkodierung nicht die gleiche sein mag, so darf doch - IMO - nicht einfach etwas aus der Datei entfernt werden!

Es sei dazu gesagt, dass es vermutlich nicht mehr benötigt wird, aber ist das ein Bug? Oder hat man da schlichtweg nicht nachgedacht? Oder hat es technische Gründe, dass die einfach entfernt werden müssen (ohne Nachfrage???)?